آلرژي: آلرژي يا حساسيت از اختلالات دستگاه ايمني بدن است. در اين حالت، بدن در برابر آنتي‌ژني بيش از حد واکنش مي‌دهد. به آنتي‌ژني که موجب پاسخي به اين شدت از طرف دستگاه ايمني شود، آلرژن يا ماده حساسيت‌زا گفته مي‌شود. دانه‌هاي گرده برخي گياهان، گرد و خاک و برخي مواد شيميايي مي‌توانند آلرژن باشند...

هنگامي که فرد براي نخستين بار در معرض يک آلرژن قرار مي‌گيرد، لنفوسيت‌هاي b او فعال شده و پادتني را ترشح مي‌کنند. اين پادتن، پس از ترشح، بر سطح ماستوسيت‌ها قرار مي‌گيرد. در صورتي که فرد باري ديگر در معرض همان آلرژن قرار گيرد، آنتي‌ژن‌هاي آن به پادتن‌هاي موجود بر سطح ماستوسيت‌ها مي‌چسبند. اين موجب مي‌شود تا سلول ماستوسيت هيستامين ترشح کند که علايم آلرژي را به دنبال دارد: تورم، خارش، آب‌ريزش بيني و چشم، قرمزي، تنگي نفس، ...

خود ايمني: در اين نوع اختلال، دستگاه ايمني بدن سلول‌هاي خودي را بيگانه تلقي کرده و به تخريب آنها مي‌پردازد. اين واکنش ممکن است در اثر توليد نابه‌جاي پادتن‌هايي باشد که عليه مولکول‌هاي سطح سلول‌هاي بدن ترشح مي‌شوند. بيماري‌هاي خود ايمني ممکن است بر بخش‌هاي مختلفي از بدن تأثير بگذارند. به طور مثال،در بيماري ام‌اس، دستگاه ايمني به پوشش اطراف سلول‌هاي عصبي مغز و نخاع حمله مي‌کند. ديابت نوع يک نيز نوعي بيماري خود ايمني است که در آن جزاير لانگرهانس پانکراس مورد تهاجم قرار مي‌گيرد.

نقص ايمني اکتسابي: گاهي ممکن است در يک يا تعدادي از اجزاي دستگاه ايمني نقصي بروز کند. نقص ايمني ممکن است مادرزادي يا اکتسابي باشد. ايدز مثالي بارز از نقص ايمني اکتسابي است که در آن سلول‌هاي t کمک‌کننده مورد تهاجم قرار مي‌گيرند و موجب تحليل قدرت دفاعي بدن مي‌شوند.